• 2003
    • 3月17日,時任浙江省委書記習近平率浙江省黨政代表團赴清華大學,商討共建浙江省清華長三角研究院事宜。
    • 12月31日,浙江省人民政府與清華大學共建浙江清華長三角研究院簽約儀式在杭州舉行。
  • 2004
    • 3月23日,時任浙江省委書記習近平聽取長三院籌建工作匯報并視察工地。
  • 2005
    • 4月10日,時任浙江省委書記習近平出席長三院奠基儀式。
  • 2007
    • 11月10日,長三院首創主要污染物排污權交易辦法,并推動在嘉興市設立國內首家排污權儲備交易中心。
  • 2008
    • 10月22日,長三院總部大樓落成。
    • 10月29日,時任中共中央政治局常委、國家副主席習近平視察長三院微環境控制技術研究中心。
  • 2009
    • 10月25日,長三角科學儀器產業技術創新戰略聯盟成立。
  • 2010
    • 1月8日,由長三院發起的浙江紅土創業投資有限公司成立,該基金為浙江省當時獨立注冊規模最大的創投基金。
    • 4月8日,長三院硅谷創新基地在美國硅谷掛牌成立,并成功舉辦了首屆“海外清華學子浙江行”活動。
    • 7月17日,時任中共中央政治局委員、國務委員劉延東視察長三院。
  • 2012
    • 長三院獲批建設浙江省應用酶學重點實驗室、浙江省水質科學與技術重點實驗室、浙江省科學儀器設備產業技術創新服務平臺等三個省級創新平臺。
  • 2014
    • 5月11日,習近平總書記批示肯定長三院十年發展成就。
    • 7月9日,國家食品安全風險評估中心應用技術合作中心落戶長三院。
    • 9月19日,浙江省與清華大學在我院舉行座談會,認真學習貫徹習近平總書記重要批示精神。
  • 2015
    • 6月11日,由長三院發起設立的浙華紫旌母基金注冊成立。
    • 9月25日,杭州分院掛牌成立。
  • 2016
    • 6月7日,全國首家專業科技保險公司“太平科技保險有限公司”獲批并落戶長三院。
    • 9月28日,長三院發起的國資委首家金融資產交易所“南湖金融資產交易中心”獲批
    • 9月29日,臺州創新中心掛牌成立。
  • 2017
    • 4月20日,長三院參與研發、投資的年產5萬輛純電動乘用車建設項目獲全國第13張新建純電動乘用車準入資質。
    • 8月19日,長三院發起的清華浙江柔性電子技術研究院揭牌成立。
    • 8月23日,寧波分院成立。
  • 2018
    • 1月20日,長三院發起的浙江未來技術研究院落戶南湖區。
  • 2019
    • 4月8日,長三院發起的嘉興區塊鏈技術研究院落成。
    • 12月1日,長三院作為唯一的創新平臺被寫入《長江三角洲區域一體化發展規劃綱要》國家戰略。
    • 12月11日,軍民融合協同發展研究院簽約成立。
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